Klíčový rozdíl mezi kyselinou fluorovodíkovou a kyselinou chlorovodíkovou je v tom, že kyselina fluorovodíková je slabá kyselina, zatímco kyselina chlorovodíková je silná kyselina. Kyselina fluorovodíková je také schopna vytvářet vodíkové vazby, zatímco kyselina chlorovodíková není schopna tvořit vodíkové vazby.
Další důležitý rozdíl mezi kyselinou fluorovodíkovou a kyselinou chlorovodíkovou spočívá v jejich molekulární struktuře. Molekula kyseliny fluorovodíkové má fluoridový ion, zatímco molekula kyseliny chlorovodíkové má chloridový iont. Dále jsou kyselina fluorovodíková i kyselina chlorovodíková donory protonů. Tyto molekuly kyselin proto mohou ionizovat ve vodných médiích uvolňujících protony (H +). Tyto protony způsobují kyselost ve vodném prostředí.
