Klíčovým rozdílem mezi E. coli a Pseudomonas aeruginosa je, že E. coli je fakultativně anaerobní bakteriální druh, který patří do čeledi Enterobacteriaceae a rodu Escherichia, zatímco P. aeruginosa je aerobní bakteriální druh, který patří do čeledi Pseudomonadadaceae a rodu Pseudomonas.
E. coli i Pseudomonas aeruginosa jsou gramnegativní bakterie ve tvaru tyčinky a pohyblivé bakterie. Dále jsou to zapouzdřené bakterie. Ale E. coli je druh rodu Escherichia, zatímco P. aeruginosa je druh rodu Pseudomonas.
