Klíčovým rozdílem mezi plazmidem a chromozomem je, že plazmid je kruhová dvouvláknová extrachromozomální DNA struktura bakterií, zatímco chromozom je dobře organizovaná nitkovitá struktura, která obsahuje genomovou DNA pevně stočenou s proteiny.
Bakteriální buňka obsahuje chromozom a několik extrachromozomálních kruhů DNA nazývaných plazmidy. Bakteriální chromozom obsahuje genomovou DNA bakterií. Kromě toho eukaryotická genomová DNA existuje také jako chromozomy. Lidský genom má 46 chromozomů. Obecně jsou plazmidy přítomny v bakteriích a archaeách. Ačkoli bakterie mají plasmidy, neobsahují geny, které jsou nezbytné pro přežití bakterií a jejich hlavní funkce. Plazmidy však obsahují několik genů, které poskytují bakteriím další výhody, jako je odolnost vůči antibiotikům, tolerance vůči suchu, odolnost vůči herbicidům atd. Účelem tohoto článku je podrobně diskutovat rozdíl mezi plazmidem a chromozomem.