Klíčový rozdíl mezi BLAST a FastA spočívá v tom, že BLAST je základní vyrovnávací nástroj, který je k dispozici na webových stránkách Národního centra pro biotechnologické informace, zatímco FastA je nástroj pro vyhledávání podobnosti dostupný na webových stránkách Evropského bioinformatického institutu.
BLAST a FastA jsou dva software, který se často používá k porovnání biologických sekvencí DNA, aminokyselin, proteinů a nukleotidů různých druhů a hledání jejich podobností. Tyto algoritmy byly psány s ohledem na rychlost. Protože když vědci dokázali v polovině 80. let izolovat DNA v laboratoři, vyvolalo to potřebu porovnávat a nacházet identické geny pro další výzkum vysokou rychlostí. Proto byly tyto dva softwarové programy vyvinuty tak, aby uživatel mohl rychle vyhledávat podobné sekvence s jejich sekvencemi dotazů.
BLAST je zkratka pro Basic Local Alignment Search Tool a při porovnávání těchto dvou sekvencí používá lokalizovaný přístup. FastA je software odkazující na Fast A, kde A znamená vše. Zde software pracuje s abecedami, jako je Fast A pro sekvenování DNA a Fast P pro protein. Jak BLAST, tak FastA jsou velmi rychlé při porovnávání jakékoli databáze genomu, a jsou proto velmi životaschopné jak peněžně, tak i při úspoře času.
