Klíčovým rozdílem mezi cisgenezí a intragenezí je to, že v cisgenezi jsou geny zavedeny bez jakékoli změny sekvence DNA a geny mají svůj nativní promotor, introny a terminátorové sekvence, zatímco v intragenezi mohou být geny navrženy pomocí genetických prvků z jiných rostlin se stejným sexuálně kompatibilním genovým fondem.
Transgeneze je genetická modifikace v rostlině příjemce s geny z jakéhokoli jiného než rostlinného organismu nebo z rostliny dárce, která je sexuálně nekompatibilní s rostlinou příjemce. Cisgeneze a intrageneze jsou dva alternativní koncepty transgeneze. Oba se odehrávají mezi křížitelnými druhy. Cisgenesis se týká genetické modifikace rostliny příjemce přirozeným genem ze sexuálně kompatibilní rostliny. Intrageneze na druhé straně umožňuje použití nových genových kombinací vytvořených in vitro přesmyky funkčních genetických prvků. Oba pojmy jsou však založeny na použití genů stejného druhu nebo blízce příbuzných druhů, které jsou sexuálně kompatibilní. Proto jsou intrageneze a cisgeneze identické s genofondem dostupným pro konvenční šlechtění.
