Klíčový rozdíl - Alpha Helix vs Beta skládaný list
Alfa šroubovice a beta skládané listy jsou dvě nejčastěji se vyskytující sekundární struktury v polypeptidovém řetězci. Tyto dvě strukturní složky jsou první hlavní kroky v procesu skládání polypeptidového řetězce. Klíčový rozdíl mezi Alpha Helix a Beta skládaný list je v jejich struktuře; mají dva různé tvary, aby provedli konkrétní práci.
Co je Alpha Helix?
Alfa šroubovice je pravotočivá cívka aminokyselinových zbytků na polypeptidovém řetězci. Rozsah aminokyselinových zbytků se může pohybovat od 4 do 40 zbytků. Vodíkové vazby vytvořené mezi kyslíkem skupiny C = O na horní cívce a vodíkem skupiny NH spodní cívky pomáhají držet cívku pohromadě. Výše uvedeným způsobem se na každé čtyři aminokyselinové zbytky v řetězci vytvoří vodíková vazba. Tento jednotný vzor mu dává určité rysy, jako je tloušťka cívky, a určuje délku každého úplného otočení podél osy šroubovice. Stabilita struktury alfa šroubovice závisí na několika faktorech.
O atomy červeně, N atomy modře a vodíkové vazby jako zelené tečkované čáry
Co je Beta skládaný list?
Beta skládaný list, známý také jako beta list, je považován za druhou formu sekundární struktury v proteinech. Obsahuje beta vlákna, která jsou bočně spojena minimálně dvěma nebo třemi páteřními vodíkovými vazbami a tvoří zkroucený skládaný list, jak je znázorněno na obrázku. Beta řetězec je úsek polypeptidového řetězce; jeho délka se obecně rovná 3 až 10 aminokyselinám, včetně páteře v rozšířeném potvrzení.
Čtyřvláknový antiparalelní β listový fragment z krystalové struktury enzymu katalázy.
a) ukazující antiparalelní vodíkové vazby (tečkované) mezi peptidovými NH a CO skupinami na sousedních vláknech. Šipky označují směr řetězce a kontury jiné než H obrysy elektronové hustoty. O atomy jsou červené koule, N atomy jsou modré a atomy H jsou pro jednoduchost vynechány; postranní řetězce jsou zobrazeny pouze k prvnímu atomu C postranního řetězce (zelený)
b) Pohled z boku na centrální dva β řetězce
V beta skládaných listech běží polypeptidové řetězce vedle sebe. Kvůli vlnovitému vzhledu struktury získává název „skládaný list“. Jsou spojeny vodíkovými vazbami. Tato struktura umožňuje vytvoření více vodíkových vazeb natažením polypeptidového řetězce.
Jaký je rozdíl mezi Alpha Helix a Beta skládaný list?
Struktura alfa šroubovice a beta skládaného listu
Alpha Helix:
V této struktuře je hlavní řetězec polypeptidu pevně svázán kolem imaginární osy jako spirální struktura. Je také známé jako helikoidní uspořádání peptidového řetězce.
K tvorbě struktury alfa šroubovice dochází, když jsou polypeptidové řetězce stočeny do spirály. To umožňuje, aby všechny aminokyseliny v řetězci navzájem tvořily vodíkové vazby (vazba mezi molekulou kyslíku a molekulou vodíku). Vodíkové vazby umožňují spirále držet spirálovitý tvar a vytváří pevnou cívku. Díky tomuto spirálovitému tvaru je alfa šroubovice velmi silná.
Vodíkové vazby jsou označeny žlutými tečkami.
Skládaný list Beta:
Když se dva nebo více fragmentů polypeptidového řetězce (řetězců) navzájem překrývají a tvoří mezi sebou řadu vodíkových vazeb, lze nalézt následující struktury. Může se to stát dvěma způsoby; paralelní uspořádání a antiparalelní uspořádání.
Příklady struktury:
Alpha Helix: Nehty nebo nehty na nohou mohou být považovány za příklad struktury alfa šroubovice.
Skládaný list beta: Struktura peří je podobná struktuře skládaného listu beta.
Vlastnosti struktury:
Alfa šroubovice: Ve struktuře alfa šroubovice je 3,6 aminokyseliny na jedno otočení šroubovice. Všechny peptidové vazby jsou trans a planární a skupiny NH v peptidových vazbách směřují stejným směrem, který je přibližně rovnoběžný s osou šroubovice. Skupiny C = O všech peptidových vazeb směřují v opačném směru a jsou rovnoběžné s osou šroubovice. Skupina C = O každé peptidové vazby je navázána na NH skupinu peptidové vazby a tvoří vodíkovou vazbu. Všechny skupiny R jsou nasměrovány směrem ven od šroubovice.
Skládaný list beta: Každá peptidová vazba v skládaném listu beta je rovinná a má transkonformaci. Skupiny C = O a NH peptidových vazeb ze sousedních řetězců jsou ve stejné rovině a směřují k sobě navzájem a tvoří mezi sebou vodíkovou vazbu. Všechny skupiny R- v libovolném řetězci se mohou alternativně vyskytovat nad a pod rovinou listu.
Definice:
Sekundární struktura: Jedná se o tvar skládacího proteinu díky vodíkové vazbě mezi amidovými a karbonylovými skupinami hlavního řetězce.
