Klíčovým rozdílem mezi prokaryotickým a eukaryotickým genomem je to, že prokaryotický genom je přítomen v cytoplazmě, zatímco eukaryotický genom se omezuje na jádro.
Genom označuje celou sbírku DNA organismu. Jinými slovy, genom je genetický materiál organismu, který obsahuje celkovou genetickou informaci. Většina organismu má genom vyrobený z DNA. Některé genomy jsou však založeny na RNA. Například některé viry mají RNA genomy. Při zvažování celkového genetického materiálu organismu nezahrnuje pouze geny nebo kódující sekvence. Zahrnuje jak geny, tak nekódující sekvence DNA.
Protože genetická informace leží v genomu ve formě genů, geny procházejí transkripcí a translací za účelem produkce proteinů. Existuje rozdíl mezi procesy exprese prokaryotického a eukaryotického genomu. Ukládání a replikace obou genomů se dále také liší mezi prokaryoty a eukaryoty. Struktura DNA však zůstává stejná (Double Helix) v obou organismech. Hlavní rozdíl mezi prokaryotickým a eukaryotickým genomem spočívá v buněčné organizaci organismů a v tom, kde genom sídlí.
