Klíčovým rozdílem mezi auxotrofy a prototrofy je, že auxotrofy jsou mutantní mikroorganismy, které ztratily schopnost produkovat konkrétní organickou sloučeninu potřebnou pro jejich růst, zatímco prototrofy jsou mikroorganismy divokého typu, které jsou schopné produkovat všechny požadované organické sloučeniny.
Mikroorganismy vykazují různé způsoby výživy. Obzvláště bakterie mají různé schopnosti. Některé bakterie jsou schopné fotosyntézy a výroby vlastního jídla, zatímco některé bakterie žijí v symbiotických vztazích s hostitelským organismem a získávají živiny. Některé bakterie dále degradují organickou hmotu a získávají živiny. Auxotrofy a prototrofy jsou dvě skupiny mikroorganismů, které se liší podle jejich schopnosti produkovat organické sloučeniny pro svůj růst. Prototrofy mohou syntetizovat všechny organické sloučeniny potřebné pro jejich růst, zatímco autotrofy nejsou schopné produkovat konkrétní organickou sloučeninu, která je nezbytná pro její růst v důsledku mutace.
