Klíčovým rozdílem mezi zooidogamií a siphonogamií je to, že zooidogamie je stav, při kterém mužské gamety plavou ve vodě, aby dosáhly svých ženských gamet, zatímco siphonogamie je stav, při kterém jsou vyvíjeny pylové trubice, které přenášejí mužské gamety na ženské gamety.
K pohlavnímu rozmnožování dochází u různých skupin rostlin různými způsoby. K dokončení oplodnění by samčí gamety měly dosáhnout samičích gamet. Zooidogamie a sifonogamie jsou dva způsoby, které vysvětlují, jak mužské gamety cestují k ženským gametám. V zooidogamii mužské gamety plavou směrem k ženským gametám, zatímco v siphonogamii mužské gamety putují pylovou trubicí směrem k ženským gametám. Například řasy, mechorosty, pteridofyty a některé gymnospermy vykazují zooidogamii, zatímco semenné rostliny vykazují siphonogamii.
