Klíčovým rozdílem mezi endocytózou a exocytózou je to, že endocytóza přináší látky do buňky, zatímco exocytóza transportuje látky ven z buňky.
Buňka má buněčnou membránu, která funguje jako bariéra mezi vnitřkem buňky a vnějším prostředím. Proto s takovou membránou potřebují buňky nějaký druh transportního mechanismu pro spojení s vnějším prostředím. Například buňky potřebují získat živiny a vylučovat z nich odpad. Za tímto účelem mají buňky čtyři základní mechanismy transportu: difúzi, osmózu, aktivní transport a hromadný transport. Difúze a osmóza jsou pasivní procesy, zatímco aktivní transport a hromadný transport jsou aktivní procesy, které spotřebovávají energii. Endocytóza a exocytóza jsou dva typy mechanismů hromadné dopravy, které transportují velké částice přes plazmatickou membránu, a to buď z buňky do vnějšího prostředí, nebo z vnějšího prostředí do buňky. Oba tyto mechanismy tvoří vezikuly vázané na membránu jako prostředek dopravy.
