Klíčovým rozdílem mezi endocytózou a fagocytózou je, že endocytóza je proces přijímání látky do buňky tvorbou vezikul buněčné membrány, zatímco fagocytóza je proces přijímání velké pevné látky do buňky tvorbou fagozomů.
Endocytóza a fagocytóza jsou dva transportní mechanismy, které přijímají materiály do buňky. Endocytóza má tři kategorie. Mezi nimi jsou dva nejčastější typy fagocytóza a pinocytóza. Fagocytóza je navíc formou endocytózy. Během obou mechanismů jsou materiály odebírány uvnitř vezikul. Mezi tyto materiály patří buněčné zbytky, enzymy, mrtvé buňky, patogeny, hormony, živiny atd. Opačným mechanismem endocytózy je exocytóza, která zahrnuje odstranění materiálu z buňky uzavřené ve vezikulách.
