Klíčový rozdíl mezi parazitem a bakteriemi spočívá v tom, že bakterie jsou jednobuněčné mikroskopické prokaryoty žijící všude, zatímco paraziti jsou organismy, které žijí na hostitelích nebo v nich a způsobují hostitelům infekce.
Parazit a bakterie jsou organismy, které se podobají velmi primitivním organismům, ale mají skvělé adaptace na přežití v různých podmínkách prostředí. Pro lidi jsou tyto organismy prvořadé, protože většina lidských infekcí je jimi způsobena. Někdy se určité bakterie považují za parazity.