Klíčovým rozdílem mezi Protostomes a Deuterostomes je, že v protostomech se blastopore stává ústy, zatímco v deuterostomech se stává konečníkem. Dalším významným rozdílem je, že embrya protostomů prochází spirálním štěpením, zatímco embrya deuterostomů prochází radiálním štěpením.
Při porozumění těmto dvěma pojmům by bylo důležité věnovat pozornost tomu, jak probíhá embryonální vývoj organismů. Bylo by zvláště důležité uvažovat o zvířatech s coelomem, což je tekutinou naplněná dutina ležící mezi endodermem (střeva) a mezodermem (většinou svalová vrstva); jinými slovy, coelom je pobřišnice u savců. Protostomy a deuterostomy jsou dva hlavní typy zvířat coelomate a existuje mezi nimi mnoho rozdílů. Primárně se liší tím, jak se během embryonálního vývoje tvoří jejich ústa a konečník.
