Klíčovým rozdílem mezi fagolysozomem a fagozomem je to, že fagolysozom je cytoplazmatické tělo vytvořené fúzí fagozomu s lysozomem. Mezitím je fagozom vezikul tvořený kolem částic pohlcených fagocytující buňkou během fagocytózy.
Fagocytóza je obranný mechanismus používaný v určitých buňkách nebo organismech k odstraňování cizích částic z těla. Fagocyty jsou buňky, které provádějí fagocytózu. Fagocyty jsou typy bílých krvinek, zejména neutrofily, monocyty a makrofágy přítomné v krvi. Tyto buňky chrání tělo detekcí cizích částic, jako jsou bakterie, toxiny, mrtvé a umírající somatické buňky atd. Fagocyty je poté pohlcují a ničí. Fagocytóza je druh endocytózy. Fagocytózou se pevné částice internalizují do struktury zvané fagozom. Jakmile jsou uvězněni uvnitř fagozomu, fúzují s lysosomy a tvoří fagolysozomy. Poté se pomocí enzymů hydrolázy lysozomu odbourávají a ničí částice uvnitř fagozomu.
