Klíčovým rozdílem mezi mezodermem a mezenchymem je, že mezoderm je jednou ze tří zárodečných vrstev bilaterálně symetrických zvířat, zatímco mesenchyme je nediferencovaná tkáň nacházející se v pravém mezodermu.
U diploblastických zvířat je tělesný plán se dvěma vrstvami buněk relativně jednoduchý. Dvě vrstvy jsou vnější ektoderm a vnitřní endoderm. Buňky ektodermu směřují k prostředí a buňky endodermu čelí enteronu, což je dutina s jediným otvorem ven. Otvor je ústa. Triploblastický stav je navíc stav, kdy se v embryu vyvíjí třetí vrstva známá jako mezoderm. Mesoderm leží mezi ektodermem a endodermem a odděluje dvě vrstvy buněk. Třetí vrstva je pro tělo důležitá. U některých zvířat zůstává velká část mezodermu nediferencovaná a tvoří obal tkáně známý jako mezenchym, který podporuje a chrání orgány těla.
