Klíčový rozdíl mezi esterem a etherem spočívá v tom, že funkční skupina esteru je –CO, zatímco funkční skupina etheru je –O-.
Ester a ether jsou organické molekuly s atomy kyslíku. Estery mají skupinu –CO. Zde je jeden atom kyslíku vázán na uhlík dvojnou vazbou a druhý kyslík je vázán jednoduchou vazbou. Jelikož se s atomem uhlíku spojují pouze tři atomy, má kolem sebe trigonální rovinnou geometrii. Dále, atom uhlíku, je sp 2 hybridizovány. Ester je navíc derivátem karboxylové kyseliny. Ether má naproti tomu atom kyslíku se dvěma jednoduchými vazbami se dvěma alkylovými nebo arylovými skupinami. Atom kyslíku má také dva volné elektronové páry.