Klíčovým rozdílem mezi cis cyklohexanem a trans cyklohexanem je to, že cis cyklohexan má své substituenty směřující do stejné roviny kruhu, zatímco trans cyklohexan má své substituenty směřující do opačných rovin.
Cyklohexan je cykloalkan, ve kterém je šestičlenný uhlíkový kruh, který existuje v konformaci křesla. V konformaci křesla má tato sloučenina nejnižší namáhání úhlu; je tedy stabilnější než jiné možné konformace. Navíc v této konformaci je polovina atomů vodíku připojených k atomům uhlíku v rovině kruhu. Říkáme tomu rovníkové umístění. Druhá polovina je umístěna kolmo k rovině prstence. Říkáme tomu axiální polohování. Pokud jsou v cyklohexanu dva nebo více substituentů, můžeme pozorovat cis a trans izomerismus sledováním, zda jsou substituenty v ekvatoriální poloze nebo v axiální poloze.
