Klíčový rozdíl mezi synthonem a syntetickým ekvivalentem spočívá v tom, že synthon je skupina chemické sloučeniny, kterou lze vytvořit známým syntetickým procesem, zatímco syntetický ekvivalent je činidlo, které vykonává funkci synthonu.
Pojmy synthon a syntetický ekvivalent spadají pod větev retrosyntetické analýzy. Jedná se o techniku, která je užitečná pro řešení problémů, které vznikají během plánování procesu organické syntézy. V této analytické technice potřebujeme přeměnit cílovou molekulu na jednoduchou strukturu bez účinku interakce činidla. Někdy používáme termíny synthon a syntetický ekvivalent zaměnitelně, ale jsou to dvě různé komponenty.
