Klíčovým rozdílem mezi anammoxem a denitrifikací je to, že anammox označuje anaerobní oxidaci amonného, která za anoxických podmínek přeměňuje amonium a dusitany na plynný dusík. Mezitím, zatímco denitrifikace je biologická transformace dusičnanů na N 2 denitrifikačními bakteriemi.
Cyklus dusíku je důležitým biogeochemický cyklus, ve kterém je atom dusíku převede na různých chemických formách, jako je NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -atd. V cyklu dusíku jsou vidět čtyři hlavní procesy. Jsou to fixace, amonifikace, nitrifikace a denitrifikace. Mnoho z těchto procesů je prováděno mikroorganismy, zejména bakteriemi přítomnými v půdě. Anammox je jedním z nejnovějších přírůstků cyklu dusíku. Jedná se o proces anaerobní oxidace amonné. Tento proces provádí specifická skupina bakterií známá jako planctomycetes. Mají speciální organelu zvanou anammoxosomy, které poskytují místo pro anammoxovou reakci. Nakonec však denitrifikace i anammox produkují plynný dusík.
