Klíčovým rozdílem mezi ribozymy a proteinovými enzymy je to, že ribozymy jsou molekuly RNA, které jsou schopné katalyzovat určité specifické biochemické reakce, zatímco proteinové enzymy jsou proteinové molekuly, které jsou schopné katalyzovat většinu biochemických reakcí probíhajících v živých organismech.
Enzymy jsou biologické katalyzátory a urychlují rychlost biochemických reakcí. Obecně jsou všechny enzymy bílkoviny složené z aminokyselin. Proto se také označují jako proteinové enzymy. Existují však specifické molekuly RNA, které mohou působit jako katalyzátory specifických biochemických reakcí. Jsou to ribozymy nebo enzymy ribonukleové kyseliny. Proto ribozymy i proteinové enzymy vykonávají stejnou funkci, jako je katalyzování biochemických reakcí.