Klíčovým rozdílem mezi prototropií a tautomerismem je to, že prototropie pojednává o dvou formách molekuly, které se od sebe liší pouze v poloze konkrétního protonu, zatímco tautomerismus pojednává o vzájemné přeměně dvou strukturních izomerů přemístěním atomů nebo vazeb.
Prototropie je forma tautomerismu; je to nejběžnější forma tautomerismu. Tautomerismus je pojem v organické chemii, který popisuje přeměnu jednoho strukturního izomeru na jiný izomer přemístěním atomů nebo vazeb. Pokud k přemístění dojde v protonu v molekule, nazýváme to prototropie. Proto je tento typ tautomerismu známý jako prototropní-tautomerismus.
