Klíčovým rozdílem mezi GMO a transgenním organismem je, že GMO je organismus, který má uměle pozměněný genom, zatímco transgenní organismus je GMO, který má pozměněný genom obsahující sekvenci DNA nebo gen z jiného druhu.
Geneticky modifikovaný organismus (GMO) a transgenní organismus jsou dva termíny, které používáme zaměnitelně. Oba typy organismů mají pozměněný genom, který byl uměle upraven. Mezi GMO a transgenním organismem však existuje mírný rozdíl. Ačkoli oba mají změněné genomy, transgenním organismem je GMO obsahující sekvenci DNA nebo gen z jiného druhu. Všechny transgenní organismy jsou tedy GMO, ale ne všechny GMO jsou transgenní.