Klíčový rozdíl mezi opsonizací a neutralizací závisí na způsobu, jakým provádějí imunologickou odpověď. Při opsonizaci jsou patogeny označeny před zničením, zatímco při neutralizaci je účinek patogenu neutralizován.
Imunologické reakce mohou být vrozené nebo adaptivní. Patogeny mají receptory pro rozpoznávání patogenů, které usnadňují identifikaci hostitele. Při opsonizaci hostitel produkuje opsoniny. Při neutralizaci však hostitel produkuje neutralizující protilátky, aby neutralizoval účinek reakce protilátka-antigen.
