Klíčový rozdíl mezi energetickým tokem a cyklem hmoty je v tom, že energetický tok ukazuje přenos energie z jedné trofické úrovně na další trofickou úroveň v potravinových řetězcích, zatímco cyklování hmoty ukazuje tok nebo cyklování prvků živými a neživými částmi ekosystémů.
Energie proudí v ekosystému potravinovými řetězci. Podobně prvky procházejí různými částmi Země. Slunce je zdrojem energie většiny ekosystémů. Primární producenti fixují energii slunečního světla na sacharidy. Spotřebitelé, zejména býložravci, konzumují potraviny vyrobené producenty. Masožravci a všežravci pak závisí na býložravcích. Stejně tak energie proudí různými trofickými úrovněmi. Zároveň se hmota recykluje různými procesy. Ve skutečnosti se jak energie, tak hmota pohybují z jednoho organismu do druhého v potravinových řetězcích.
