Klíčový rozdíl mezi CRISPR a CRISPR Cas9 spočívá v tom, že CRISPR (seskupený pravidelně s mezerami v krátkém palindromickém opakování) je přirozeně se vyskytující prokaryotický imunitní obranný mechanismus, zatímco CRISPR cas9 je nukleáza Cas9 vedená RNA, která je součástí adaptivního imunitního systému CRISPR.
CRISPR je antivirový obranný imunitní systém nacházející se v bakteriích a archaeách. Je to rodina sekvencí DNA nalezených v bakteriálním genomu. Skládá se z spacerových sekvencí, které jsou odvozeny z fragmentů DNA bakteriofágů, které je dříve infikovaly. Při následných virových infekcích bakterie používají tyto sekvence ke zničení virové DNA. Sekvence CRISPR mají krátké palindromické repetice a spacerové sekvence. Kromě toho mají CRISPR opakující se spacerové sekvence často asociované geny, které kódují Cas proteiny. Cas9 je RNA naváděná endonukleáza. Spolu se sekvencemi CRISPR působí protein Cas9 jako adaptivní imunitní systém v bakteriích proti bakteriofágům.