Klíčovým rozdílem mezi fluxionalitou a tautomerismem je to, že fluxionalita označuje výměnu některých nebo všech atomů v molekule, zatímco tautomerismus označuje výměnu protonů mezi molekulami.
Oba termíny fluxionality a tautomerism se vztahují k záměně atomů mezi různými polohami, jako jsou axiální a rovníkové polohy. Pokud tyto různé polohy leží na stejné molekule, pak jde o fluxionalitu. Pokud je však zaměňovaným atomem atom vodíku (proton) a jeho polohy jsou ve dvou různých molekulách, pak se tomu říká tautomerismus.
