Klíčovým rozdílem mezi hydrokrakováním a hydrogenací je, že hydrokrakování zahrnuje přeměnu vysokovroucích složek na nízkovroucí složky, zatímco hydrorafinace zahrnuje odstranění kyslíku a dalších heteroatomů.
Hydrokrakování a hydrogenace jsou užitečné procesy při rafinaci ropného oleje. Tyto dva procesy spadají do kategorie hydrogenačního zpracování. Oba tyto procesy navíc probíhají v přítomnosti plynného vodíku. Existuje však zřetelný rozdíl mezi hydrokrakováním a hydrogenačním rafinováním založeným na principu a mechanismu.