Klíčový rozdíl mezi receptory AMPA a NMDA spočívá v tom, že specifickým agonistou receptoru AMPA je kyselina alfa-amino - 3 - hydroxyl - 5 - methyl - 4 - isoxazol propionová (AMPA), zatímco specifickým agonistou receptoru NMDA je N - methyl - D - aspartát (NMDA).
Existují tři hlavní typy glutamátových receptorů. Jejich rozdíl je založen na agonistovi, který se váže na aktivaci receptoru pro vazbu glutamátu. Vazba glutamátu otevře iontově řízené kanály pro transport iontů sodíku a draslíku. Receptory NMDA také usnadňují tok iontů vápníku přes membránu.