Klíčovým rozdílem mezi chemoorganotrofy a chemolithotrofy je to, že chemoorganotrofy jsou organismy, které získávají elektrony z organických sloučenin, zatímco chemolithotrofy jsou organismy, které získávají elektrony z anorganických sloučenin.
Živé organismy lze rozdělit do několika kategorií ve vztahu k výživovému režimu založenému na zdroji energie a uhlíku. Existují zdroje energie jako sluneční světlo a organické sloučeniny. Podobně existují dva typy zdrojů uhlíku, jako je anorganický uhlík a organický uhlík. Čtyři hlavní kategorie jsou fotoautotrofy, fotoheterotrofy, chemoautotrofy a chemoheterotrofy. Navíc, na základě primárního zdroje redukčního ekvivalentu, existují dvě kategorie jako organotrofní a litotrofní. Chemoorganotrofy a chemolithotrofy jsou dvě skupiny, které využívají energii z rozbíjení chemických sloučenin. Liší se však navzájem na základě dárce elektronů. Zdrojem donoru elektronů jsou organické sloučeniny v chemoorganotrofech, zatímco zdroj redukčního ekvivalentu je anorganický v chemolithotrofech.
