Klíčovým rozdílem mezi endosymbiózou a symbiózou je, že endosymbióza je teorie, která popisuje, jak mitochondrie a chloroplasty vstoupily do eukaryotických buněk, zatímco symbióza je dlouhodobá interakce existující mezi dvěma různými živými druhy.
Organismy v ekosystému na sebe vzájemně působí různými způsoby. Symbióza je interakce, která existuje mezi dvěma různými druhy žijícími společně. Některé interakce jsou výhodné pro obě strany, zatímco některé zůstávají neutrální. Některé další interakce jsou však škodlivé pro jednu stranu, zejména pro hostitelský organismus, zatímco druhá strana získává výhody na náklady hostitele. Můžeme vidět všechny tyto typy interakcí v ekosystému. Tyto druhy interakcí jsou však životně důležité pro stabilitu ekosystému. Endosymbióza, na druhé straně, je teorie, která vysvětluje původ eukaryotické buňky z prokaryotické buňky.
