Klíčovým rozdílem mezi endosymbiózou a invaginací je, že endosymbióza je teorie, která vysvětluje původ mitochondrií a chloroplastů uvnitř eukaryotické buňky, zatímco invaginace je proces, který vysvětluje původ jádra a dalších organel buňky prostřednictvím tvorby invaginace z plazmy membrány do vnitřku buňky.
Vědci se domnívají, že eukaryotické buňky se vyvinuly z prokaryotických buněk. Vyvinuli mnoho teorií, aby vysvětlili, jak k tomuto vývoji došlo. Jednou z takových teorií, která vysvětluje původ mitochondrií a chloroplastů uvnitř eukaryotických buněk z prokaryotických bakterií, je endosymbióza. Zatímco invaginace je proces, který vysvětluje původ jádra a dalších organel vázaných na membránu uvnitř eukaryotické buňky.
