Klíčovým rozdílem mezi plastochinonem a plastocyaninem je, že plastochinon je lipofilní nosná molekula, která přenáší elektrony na plastocyanin prostřednictvím komplexu proteinů cytochromu b6f. Ale plastocyanin je malý ve vodě rozpustný modro-měděný protein, který přijímá pár elektronů z komplexu cytochromu b 6 f a předává jej fotosystému I v thylakoidním prostoru.
Fotosyntéza má dva typy reakcí, jako jsou reakce závislé na světle a reakce nezávislé na světle. Tyto dva typy fotosystémů hrají důležitou roli při reakcích závislých na světle. Jsou to fotosystém I a II. Fotosystémy jsou velké komplexy bílkovin a pigmentů nebo molekul absorbujících světlo. Zachycují energii ze slunečního světla. P700 je reakčním centrem fotosystému I, zatímco P680 je reakčním centrem fotosystému II. Každý fotosystém absorbuje světlo a produkuje ATP pomocí fotofosforylace. Produkují také NADPH. Na reakcích závislých na světle se podílí několik typů akceptorů elektronů. Plastochinon a plastocyanin jsou dva typy molekul zapojených do řetězce transportu elektronů.
