Klíčový rozdíl - VNTR vs STR
Studie DNA mají nesmírnou užitečnost při porozumění a určování fylogenetických vztahů, diagnostice genetických chorob a mapování genomů organismu. Pro identifikaci konkrétního genu nebo sekvence DNA ve skupině neznámé DNA se používá několik technik spojených s analýzou DNA. Jsou známé jako genetické markery. Genetické markery se používají v molekulární biologii k identifikaci genetických variací mezi jednotlivci a druhy. Tandemová repetice s proměnným počtem (VNTR) a krátká tandemová repetice (STR) jsou dva typy genetických markerů, které u jednotlivců vykazují polymorfismus. Oba typy jsou nekódující repetitivní DNA, což jsou tandemové repetice. Jsou uspořádány způsobem od hlavy po ocas v chromozomech. VNTR je část genomu, kde se krátká nukleotidová sekvence několikrát opakuje. STR je další část DNA v genomu, která je organizována jako opakující se jednotky skládající se ze dvou až třinácti nukleotidů stokrát. Klíčovým rozdílem mezi VNTR a STR je počet nukleotidů v opakující se sekvenci. Opakující se jednotky VNTR se skládají z 10 až 100 nukleotidů, zatímco opakující se jednotky STR se skládají ze 2 až 13 nukleotidů. VNTR a STR se široce používají ve forenzních studiích.
OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je VNTR
3. Co je STR
4. Podobnosti mezi VNTR a STR
5. Srovnání vedle sebe - VNTR vs STR ve formě tabulky
6. Shrnutí
Co je VNTR?
Tandemová repetice je krátká sekvence DNA, která se opakuje od hlavy k patě na specifickém chromozomálním místě. V tandemové repetici není žádná jiná sekvence nebo nukleotid. V genomu existuje několik typů tandemových opakování. VNTR je typ tandemové repetice, který má opakující se jednotky skládající se z 10 až 100 nukleotidů. VNTR je typ minisatelitu. Tyto tandemové repetice lze nalézt v mnoha chromozomech. Jsou rozptýleny v lidském genomu a nacházejí se převážně v subtelomerních oblastech chromozomů.
VNTR ukazují polymorfismus tandemových opakování mezi jednotlivci. Délka VNTR v určitém místě chromozomu je u jednotlivců velmi variabilní kvůli variacím v počtu opakujících se jednotek organizovaných v této části DNA. Proto může být VNTR použit jako mocný nástroj při identifikaci jednotlivců a analýza VNTR se využívá v mnoha oblastech, včetně genetiky, biologického výzkumu, forenzní analýzy a otisku prstů DNA. VNTR byly první genetické markery používané ke kvantifikaci štěpu po transplantaci kostní dřeně. VNTR byly také prvními polymorfními markery používanými při profilování DNA ve forenzní oblasti.
Obrázek 01: Variace VNTR u šesti jedinců
Analýza VNTR se provádí polymorfismem délky restrikčních fragmentů následovaným jižní hybridizací. Proto potřebuje poměrně velký vzorek DNA. Interpretace profilu VNTR je také problematická. Z důvodu těchto omezení bylo použití VNTR ve forenzní genetice omezeno a je nahrazeno analýzou STR.
Co je STR?
STR je vysoce repetitivní část DNA, která se skládá ze dvou až třinácti nukleotidových opakujících se jednotek uspořádaných tandemovým způsobem. STR je podobný VNTR. Liší se však od VNTR od počtu nukleotidů v opakující se sekvenci a počtu opakování. STR je typ mikrosatelitu.
Analýza STR zahrnuje měření přesného počtu opakujících se jednotek. STR jsou mezi jednotlivci velmi variabilní, podobně jako VNT. Profily STR se liší od člověka k člověku. Proto se STR analýza používá v molekulární biologii k porovnání specifických lokusů na DNA ze dvou nebo více vzorků. Proto jsou STR považovány za silné genetické markery v molekulární biologii. Poskytuje vynikající nástroj pro identifikaci jednotlivců kvůli jejich vysokému stupni polymorfismu a relativně krátké délce.
V současné době jsou STR nejběžněji používaným analyzovaným nástrojem genetického polymorfismu ve forenzní genetice. Většina forenzních případů zahrnuje STR polymorfní analýzu. STR lokusy se šíří po celém genomu. V chromozomech se nacházejí tisíce STR, které lze použít při forenzní analýze. Analýza STR nezahrnuje polymorfismus s omezenou délkou, jako je analýza VNTR. STR analýza neštěpí DNA restrikčními enzymy. Specifické sondy se používají k připojení požadovaných oblastí na DNA a pomocí techniky PCR se stanoví délky STR.
Obrázek 02: Variace STR mezi vzorky
Jaké jsou podobnosti mezi VNTR a STR?
- VNTR a STR jsou nekódující DNA.
- Oba jsou tandemové repetice.
- Oba vykazují polymorfismus mezi jednotlivci kvůli rozdílu v délce úseku DNA.
- Oba se používají jako silné genetické markery při otisku prstů DNA a ve forenzních studiích.
Jaký je rozdíl mezi VNTR a STR?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
VNTR vs STR |
|
| VNTR je nekódující repetitivní DNA, která má krátkou nukleotidovou sekvenci opakovanou tandemovým způsobem. | STR je vysoce repetitivní část DNA, která se skládá ze dvou až třinácti nukleotidových opakujících se jednotek uspořádaných tandemovým způsobem. |
| Velikost | |
| VNTR jsou větší než STR. | STR jsou menší než VNTR. |
| Počet nukleotidů v opakující se sekvenci | |
| Opakující se jednotka VNTR se skládá z 10 až 100 nukleotidů. | Opakující se jednotka STR se skládá ze 2 až 13 nukleotidů. |
Shrnutí - VNTR vs STR
VNTR a STR jsou dva silné genetické markery používané v molekulární biologii, zejména v oblasti forenzní genetiky. VNTR je typ minisatelitu a STR je mikrosatelit. VNTR a STR jsou nekódující, vysoce repetitivní DNA. Jsou to tandemové repetice. Obecná struktura VNTR a STR jsou stejné. Počet nukleotidů v opakující se sekvenci a délka se však liší. VNTR má opakující se sekvence sestávající z 10 až 100 nukleotidů. STR má opakující se sekvence skládající se z 2 až 13 nukleotidů. To je rozdíl mezi VNTR a STR.
Stáhnout PDF verzi VNTR vs STR
Můžete si stáhnout verzi tohoto článku ve formátu PDF a použít jej pro offline účely podle citací. Stáhněte si zde PDF verzi. Rozdíl mezi VNTR a STR.
