Klíčový rozdíl - sekvenování Exome vs RNA
Sekvenování nukleových kyselin je technika, která určuje pořadí nukleotidů v konkrétním fragmentu DNA nebo RNA organismu. Sekvenování je důležité při identifikaci DNA a RNA složení buňky a rozlišení určitých genů, které kódují funkční proteiny; sekvenování lze tedy použít k pochopení mutací těchto genů a genových expresí. Metoda Sangerova sekvenování nebo pokročilejší metody sekvenování nové generace jsou metody sekvenování, které se běžně používají. Sekvenování Exome je sekvenování kompletní sady exonů nebo kódujících oblastí DNA přítomných v organismu, zatímco sekvenování RNA je postup sekvenování ribonukleových kyselin (RNA). Toto je klíčový rozdíl mezi sekvenováním exome a RNA.
OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je sekvenování Exome
3. Co je sekvenování RNA
4. Podobnosti mezi sekvencí Exome a RNA
5. Porovnání vedle sebe - sekvenování Exome vs RNA ve formě tabulky
6. Shrnutí
Co je Exome Sequencing?
Exome je podmnožina genomu, která se skládá z kódujících genů konkrétního organismu. Kódující geny jsou pojmenovány jako exony a jsou přepsány do mRNA a poté přeloženy do aminokyselinových sekvencí. Během post transkripčních modifikací mechanismus sestřihu RNA u eukaryot odstraní introny (nekódující oblasti) a exony zůstanou. Existují dvě hlavní techniky, ve kterých se provádí sekvenování exome: řešení založené na poli a založené na poli.
V sekvenování exomu na bázi roztoku jsou vzorky DNA fragmentovány buď pomocí restrikčních enzymů, nebo mechanickou metodou a denaturovány teplem. V této technice se biotinylované oligonukleotidové sondy (návnady) používají k selektivní hybridizaci s cílovými oblastmi v genomu. Pro krok vazby se používají magnetické kuličky streptavidinu. Po navázání následuje promývací krok, kde jsou odplaveny nevázané a necílené sekvence. Navázané cíle se poté amplifikují pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a poté se sekvenují pomocí technik Sangerova sekvenování nebo sekvenování nové generace.
Obrázek 01: Exome sekvenování
Metoda založená na poli je také podobná metodě založené na řešeních, kromě toho, že fragmenty DNA jsou zachyceny do mikropolí a poté následují kroky vazby a promytí před sekvenováním.
Exome sekvenování se používá v mnoha aplikacích, jako je genetická diagnostika chorob, v genové terapii, při identifikaci nových genetických markerů, v zemědělství k identifikaci různých prospěšných agronomických vlastností a při šlechtění rostlin.
Co je to sekvenování RNA?
Sekvenování RNA je založeno na transkriptomu, který je úplným přepisem buňky. Klíčovým cílem sekvenování RNA je katalogizace všech druhů transkriptu, včetně mRNA, nekódující RNA a malé RNA, stanovení transkripční struktury genů a kvantifikace úrovní exprese každého transkriptu během vývoje. Během sekvenování RNA byly pro sekvenování původně použity hybridizační technologie (což byla komplementární DNA odvozená ze zralých sekvencí mRNA). V současné době se pro sekvenování RNA používá přesnější a pokročilejší technika přímého přenosu.
Obrázek 02: Sekvenování RNA
Při sekvenování RNA se vzorek RNA, kterým může být celková RNA nebo frakcionovaná RNA, pomocí reverzní transkripce převede na svou komplementární DNA (cDNA) a připraví se knihovna cDNA. Každý fragment cDNA je připojen k adaptérům na obou stranách (sekvenování párových konců) nebo na jedné straně (sekvenování jednoho konce). Tyto značené sekvence jsou sekvenovány pomocí Sangerova sekvenování nebo další generace, jako je sekvenování exome.
Jaké jsou podobnosti mezi sekvencí Exome a RNA?
- Krátce vybrané fragmenty nebo celou sadu DNA / RNA lze použít pro sekvenování Exome nebo RNA.
- Sekvenované fragmenty jsou zachovány v knihovnách.
- Lze použít Sangerovo sekvenování nebo sekvenování nové generace.
- Oba jsou in vitro sekvenční metody.
- Sekvenované fragmenty lze určit fluorescenčními značkami.
Jaký je rozdíl mezi sekvenováním Exome a RNA?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
Exome vs RNA sekvenování |
|
| Sekvenování exomu je sekvenování kompletní sady exonů nebo kódujících oblastí DNA přítomných v organismu. | Sekvenování RNA označuje postup sekvenování ribonukleových kyselin (RNA); přepis. |
| Počáteční ukázka | |
| Genomová DNA je výchozí vzorek sekvenování exome. | RNA je výchozí vzorek sekvenování RNA. |
| Složení | |
| Toto obsahuje pouze kódující oblasti z celkové DNA známé jako Exony | To obsahuje RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sekvenování | |
| Existují dvě hlavní metody sekvenování exome; technologie založené na řešeních a na poli. | Sekvenování RNA se provádí přípravou cDNA knihovny extrakcí celkové RNA nebo fragmentované RNA. |
Shrnutí - Sekvence Exome vs RNA
Exome je kompletní sada kódujících oblastí organismu a techniky podílející se na stanovení přesného nukleotidového řádu Exome jsou známé jako sekvenování exome. Sekvenování RNA je technika podílející se na stanovení nukleotidového řádu RNA organismu. To je rozdíl mezi exome a sekvenováním RNA.
Stáhněte si PDF verzi sekvenování Exome vs RNA
Můžete si stáhnout verzi tohoto článku ve formátu PDF a použít jej pro offline účely podle citace. Stáhněte si zde verzi PDF. Rozdíl mezi sekvenováním Exome a RNA
