Klíčovým rozdílem mezi sekvenováním brokovnic a sekvenováním příští generace je to, že sekvenování brokovnic je metoda sekvenování, která náhodně rozdělí sekvence DNA na mnoho malých fragmentů a znovu sestaví sekvenci pozorováním překrývajících se oblastí, zatímco sekvenování další generace (NGS) je pokročilá metoda genetické sekvenování, které závisí na kapilární elektroforéze.
Sekvenování je proces, který určuje přesné pořadí nukleotidů v genu, shluku genů, chromozomu a úplném genomu. V genomických studiích, forenzních studiích, virologii, biologické systematické, lékařské diagnostice, biotechnologii a v mnoha dalších oblastech je velmi důležité analyzovat strukturu a funkci genů a identifikaci organismů. Kromě toho jsou k dispozici různé typy metod sekvenování. Sekvenování brokovnic a sekvenování další generace jsou dvě pokročilé metody.