Klíčovým rozdílem mezi biologickými hodinami a cirkadiánním rytmem je to, že biologické hodiny jsou vrozeným časovacím zařízením organismu složeným ze specifických molekul, které interagují s buňkami v celém těle, zatímco cirkadiánní rytmus je fyzická, duševní a behaviorální změna, která následuje po denním cyklu.
V noci se cítíme ospalí, ale jsme energičtí a zůstáváme vzhůru po celý den. Důvodem jsou cirkadiánní biologické hodiny. Biologické hodiny jsou naším vrozeným časovacím zařízením, které řídí náš mozek. Cirkadiánní rytmus je přirozený a vnitřní proces, který se opakuje zhruba každých 24 hodin. Cirkadiánní rytmus může ovlivnit cyklus spánku / bdění. Každá tkáň a orgán v našem těle pracuje podle biologických hodin a cirkadiánních rytmů. Systém cirkadiánních hodin je zásadním regulačním faktorem pro téměř všechny fyziologické aktivity v našem těle. Poruchy systému cirkadiánních hodin mohou mít vážné důsledky pro lidské zdraví.