Klíčovým rozdílem mezi polysacharidovými a konjugovanými vakcínami je, že polysacharidové vakcíny obsahují jako antigeny pouze volné polysacharidy, zatímco konjugované vakcíny obsahují polysacharidy kombinované s proteinovou molekulou.
Polysacharidové a konjugované vakcíny jsou dva typy vakcín. Polysacharidové vakcíny obsahují jako antigen pouze polysacharidovou tobolku ke stimulaci imunitní odpovědi. Ve srovnání s konjugovanými vakcínami proto způsobují zanedbatelnou imunitní odpověď. Konjugované vakcíny obsahují polysacharidy konjugované s imunogenním proteinem. Proto vyvolávají silnější imunitní odpověď. Konjugované vakcíny navíc zajišťují paměť B-buněk a dlouhodobou imunizaci. V současné době konjugované vakcíny značně nahradily polysacharidové vakcíny.
