Klíčový rozdíl mezi kolonizací a infekcí spočívá v tom, že kolonizace je proces usazování mikrobu v tělesných tkáních, zatímco infekce je proces napadení tělních tkání mikrobem, který způsobuje příznaky onemocnění.
Patogenita mikrobů je úplný biochemický a strukturální proces, který je definován úplným mechanismem, kterým mikroorganismus vyvolává onemocnění. Patogenita bakterií může být například spojena s různými složkami bakteriální buňky, jako jsou tobolky, fimbrie, lipopolysacharidy (LPS) a další složky buněčné stěny. Můžeme jej také spojit s aktivní sekrecí látek, které poškozují tkáně hostitele nebo chrání bakterie před obranou hostitele. Kolonizace a infekce jsou dva pojmy v mikrobiální patogenitě. Prvním stupněm mikrobiální patogenity je kolonizace. Je znám jako správné založení patogenu v hostitelských tkáních. Infekce je naopak invaze patogenu do tělních tkání, která způsobí onemocnění.
