Klíčovým rozdílem mezi patofyziologií a patogenezí je to, že patofyziologie vysvětluje stavy typicky pozorované během chorobného stavu, jakož i procesy nebo mechanismy fungující v organismu, zatímco patogeneze vysvětluje původ a vývoj nemoci a to, zda je nemoc akutní, chronická nebo recidivující.
Patofyziologie a patogeneze jsou dva podobné termíny používané k vysvětlení výskytu onemocnění a souvisejících mechanismů a charakteristik. Patofyziologie se týká stavů pozorovaných během chorobného stavu a procesů probíhajících v organismu. Patogeneze se zaměřuje hlavně na vznik a vývoj onemocnění. Obě studie jsou důležité při diagnostice nemoci a prevenci jejího šíření.
