Klíčovým rozdílem mezi UPGMA a sousedním spojovacím stromem je typ fylogenetického stromu vyplývající z každé metody. UPGMA je technika konstrukce kořenového fylogenetického stromu, zatímco sousední spojovací strom je technika konstrukce nezakořeněného fylogenetického stromu.
Fylogenetické stromy jsou stromové diagramy, které ukazují evoluční vztahy mezi organismy. Fylogenetický strom může mít různé topologie v závislosti na technice použité pro stavbu stromu. UPGMA a sousední strom jsou dvě hlavní metody, které vytvářejí fylogenetické stromy.
