Klíčovým rozdílem mezi inaktivací X a genomovým otiskem je, že inaktivace X je proces, při kterém se u některých žen inaktivuje jedna kopie chromozomu X, zatímco genomový otisk je proces, který závisí na původci původu, a je to proces, při kterém se kopie geny jsou odlišně exprimovány.
Inaktivace X a genomový otisk jsou dva procesy, které mohou vést k monoallelické expresi. Jednoduše řečeno, oba jevy způsobují vypnutí jedné kopie genu. Genomický otisk probíhá v konkrétních genech, zatímco inaktivace X způsobuje inaktivaci genů v celém X chromozomu. Oba procesy však vedou ke snížení genové exprese.
