Klíčovým rozdílem mezi regulačním a represorovým proteinem je, že regulační protein může podporovat nebo inhibovat transkripci genů. Mezitím represorový protein inhibuje expresi jednoho nebo více genů.
Než se pustíme dále do diskuse o rozdílu mezi regulačním a represorovým proteinem, pojďme krátce probrat genovou regulaci. Gen je specifická nukleotidová sekvence, ve které je skrytá genetická informace za účelem syntézy proteinu. Genovou expresi lze regulovat různými způsoby. Prostřednictvím různých mechanismů řídí buňky expresi genů a jejich úrovně exprese. Obecně se genová regulace vyskytuje na úrovni transkripce. Regulační protein a represorový protein jsou dva typy proteinů podílejících se na genové regulaci na úrovni transkripce. Tyto regulační proteiny a represorové proteiny se vážou na specifickou sekvenci poblíž genu a ovlivňují transkripci genu.