Klíčovým rozdílem mezi bakteriochlorofylem a chlorofylem je to, že anoxygenní fototrofy, jako jsou fialové bakterie, heliobakterie a zelené bakterie síry atd., Mají bakteriochlorofyly, zatímco kyslíkové fototrofy, jako jsou zelené rostliny, řasy a sinice, mají chlorofyly.
Existují dva typy fotosyntézy; kyslíková fotosyntéza a anoxygenní fotosyntéza. Existují také dva typy fotosyntetických pigmentů, jako je chlorofyl a bakteriochlorofyl. Kyslíkové fototrofy mají chlorofyl, zatímco anoxygenní fototrofy mají bakteriochlorofyl. Bakteriochlorofyl a chlorofyl jsou si v celkové struktuře podobné. Liší se ale substitucemi kolem prstence a délkou a substitucemi na phytol ocasu. Existují čtyři typy chlorofylů, zatímco existuje sedm typů bakteriochlorofylů.
