Klíčovým rozdílem mezi CDS a cDNA je to, že CDS nebo kódující sekvence je součástí transkriptu, který je ve skutečnosti přeložen do proteinu, zatímco sekvence cDNA je sekvence DNA odvozená z mRNA reverzní transkripcí.
Gen je nukleotidová sekvence, která kóduje protein. Skládá se z různých oblastí, jako je promotorová oblast, místo zahájení transkripce, exony, startovací kodon, introny a stop kodon. Gen má tedy jak kódující, tak nekódující sekvence. Kódující sekvence nebo CDS označují exony a dva kodony, což jsou start kodon a stop kodon. Je to sekvence, která je ve skutečnosti přeložena do proteinu. Naproti tomu cDNA je sekvence DNA odvozená z mRNA reverzní transkripcí.
