Klíčový rozdíl - proteomika vs. transkriptomika
Omická technologie je současným trendem, kdy se na různé biomolekuly organismu pohlíží jako na celou kolekci s ohledem na jeho vlastnosti a funkce. Omic technologie má širokou škálu aplikací. Různé druhy biologického vzorku zahrnují genomiku, proteomiku, transkriptomiku a metabolomiku. Proteomika zahrnuje kompletní studium všech proteinů v živém organismu. Je definován jako soubor všech exprimovaných proteinů v organismu, jeho strukturní a funkční vlastnosti. Kompletní sada proteinů proto tvoří proteom. Transkriptomika je kompletní studium všech molekul messenger RNA (mRNA) přítomných v živém organismu. Transkriptomika se tedy zabývá geny, které jsou aktivně exprimovány v živém organismu. Celková sada mRNA v živém organismu se označuje jako transkriptom. Klíčový rozdíl mezi proteomikou a transkriptomikou je založen na typu biomolekuly. V proteomice je studována celková sada exprimovaných proteinů v živém organismu, zatímco v transkriptomikách je studována celková mRNA živého organismu.
OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je proteomika
3. Co je transkriptomika
4. Podobnosti mezi proteomikou a transkriptomikou
5. Srovnání vedle sebe - proteomika vs. transkriptomika ve formě tabulky
6. Shrnutí
Co je to proteomika?
Termín proteomika byl vytvořen v roce 1995 a byl původně definován jako celkový proteinový komplement v buňce, tkáni nebo organismu. S pokrokem v proteomických studiích byl poté upraven tak, aby byl považován za zastřešující termín, do kterého bylo zahrnuto mnoho studijních oborů. V současné době je v rámci tématu proteomika studována struktura, orientace, funkce, její interakce, modifikace, aplikace a význam proteinů. Proto se v současné době provádí mnoho výzkumů v oblasti proteomiky.
Byly provedeny první proteomické studie k identifikaci obsahu bílkovin v Escherichia coli. Mapování celkového obsahu proteinu bylo provedeno pomocí dvourozměrných (2D) gelů. Po úspěchu se vědci přesunuli k charakterizaci celkového obsahu bílkovin u zvířat, jako jsou morčata a myši. V současné době se mapování lidských proteinů provádí pomocí 2D gelové elektroforézy.
Aplikace proteomiky
Studium proteomiky má mnoho výhod, protože proteiny jsou řídící molekuly většiny aktivity díky katalytické vlastnosti proteinů. Studie celých proteinů tak může poskytnout informace týkající se zdravotního stavu organismu. Některé aplikace jsou;
- Anotace genomu: Studiem obsahu bílkovin v organismu lze určit přesné genomy odpovědné za aktivní sloučeninu proteinu. V tomto scénáři jsou důležité výsledky ze všech genomik, transkriptomik a proteomiky.
- Identifikace / diagnostika nemoci: Proteomika se používá k identifikaci chorobného stavu porovnáním zdravých a nemocných
- Provádět proteinovou expresi studovanou během experimentů.
- Modifikace proteinů a studie interakcí: Za účelem použití proteinů in vitro nebo in vivo podmínek, rozhodnout o podmínkách skladování těchto extrahovaných proteinů a studovat chování proteinu in vitro, in vivo a in - silico metodami.
Obrázek 01: Proteomika
V proteomice jsou různé techniky
- Extrakce celkového proteinu a separace proteinů pomocí 2D gelové elektroforézy. Proteiny lze také oddělit pomocí vysoce účinné kapalinové chromatografie (HPLC).
- Sekvenování extrahovaných proteinů pomocí metod, jako je Edmundova sekvenční metoda nebo hmotnostní spektrometrie.
- Jakmile jsou sekvence identifikovány, strukturní a funkční vlastnosti obsahu bílkovin jsou analyzovány pomocí počítačového softwaru a bioinformatických nástrojů.
Co je transkriptomika?
Termín transkriptomu byl vytvořen nedávno. Transkriptomika je studium celkového obsahu mRNA v organismu. Celková mRNA je exprimovaná DNA v živém organismu nebo buňce. Úplná sbírka mRNA se označuje jako transkriptom.
Kroky k analýze transkriptomu zahrnují,
- Extrakce RNA, separace mRNA pomocí sloupcové gelové chromatografie s kuličkami poly DT.
- Je provedeno sekvenování mRNA.
Technologie Microarray je jedním běžným způsobem identifikace transkriptomu organismu. Technika microarray zahrnuje sondovou desku s komplementárními vlákny transkriptomu. Po hybridizaci lze charakterizovat mRNA přítomnou v organismu nebo buňkách.
Obrázek 02: Transkriptomické techniky
Transkriptomika jsou nyní široce používána v lékařské oblasti. Diagnostika nemocí a profilování nemocí jsou hlavní pole, ve kterých se používá transkriptomika. Analýzou transkriptomu organismu lze identifikovat cizí mRNA, a pokud existují nějaké infekce, lze ji identifikovat. Nekódující RNA může být oddělena pomocí transkriptomických technologií. A také lze sledovat expresi genů pod různými stresy prostředí.
Jaké jsou podobnosti mezi proteomikou a transkriptomikou?
- Oba jsou součástí konceptu omické technologie.
- Oba se používají při diagnostice nemocí a charakterizaci nemocí organismu.
- Obě studované oblasti zahrnovaly extrakci biomolekuly, separaci biomolekuly a kroky sekvenování.
Jaký je rozdíl mezi proteomikou a transkriptomikou?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
Protemics vs transkriptomika |
|
| Proteomika zahrnuje kompletní studium všech proteinů v živém organismu. | Transkriptomika je kompletní studium všech molekul messenger RNA (mRNA) přítomných v živém organismu. |
| Typ studované bio molekuly | |
| Proteiny jsou studovány v proteomice. | mRNA jsou studovány v transkriptomikách. |
| Faktory studovány | |
| Struktura, funkce, interakce, modifikace a aplikace proteinů jsou studovány v proteomice. | Sekvenční struktura, interakce s prostředím a aplikace mRNA jsou studovány v transkriptomikách. |
Shrnutí - Proteomika vs. transkriptomika
Omics hrají důležitou roli v oblasti biologických věd. Proteomika označuje studium proteomu, který tvoří kompletní soubor bílkovin v buňce nebo organismu. Transkriptomika označuje studium transkriptomu, což je kompletní sada exprimované DNA, která je ve formě mRNA. Dvě studované oblasti, proteomika a transkriptomika, byly odvozeny po zavedení genomiky a jsou v současné době široce používány v lékařské diagnostice a při charakterizaci a screeningu organismů. To je rozdíl mezi proteomikou a transkriptomikou.
Stáhněte si PDF Proteomics vs Transcriptomics
Můžete si stáhnout PDF verzi tohoto článku a použít ji pro offline účely podle citace. Stáhněte si verzi PDF zde: Rozdíl mezi proteomikou a transkriptomikou
