Klíčový rozdíl mezi metagenomikou a metatranskriptomikami závisí na typu biomolekul studovaných v každé oblasti. Metagenomika studuje DNA, její sekvence a její chování v organismech, zatímco metatranscriptomika studuje transkribovanou DNA, zejména sekvence mRNA a její chování v organismech.
Metagenomika a metatranscriptomika jsou dvě oblasti, které si v průběhu let získaly velkou popularitu ve vztahu k mikrobiální komunitě. Jsou důležité ve zdravotnictví, průmyslu a zemědělské biotechnologii. Metagenomika i metatranscriptomika umožňují studium jednotlivých organismů v komunitě a jejich funkčních rolí, které jsou prospěšné nebo škodlivé.
