Klíčovým rozdílem mezi embryonálními a somatickými kmenovými buňkami je to, že embryonální kmenové buňky jsou pluripotentní nediferencované buňky, které mají embryonální původ, zatímco somatické kmenové buňky jsou multipotentní nediferencované buňky, které jsou tkáňového a orgánového původu.
Kmenové buňky jsou nediferencované buňky, které jsou schopné růst do pravých tkání nebo orgánů. Obecně existují dva hlavní typy kmenových buněk, jako jsou embryonální kmenové buňky a dospělé kmenové buňky (somatické kmenové buňky). V případě diferenciace se embryonální kmenové buňky mohou diferencovat na jakýkoli typ buněk. Naproti tomu somatické kmenové buňky se mohou diferencovat pouze na několik buněk specifických pro tkáň. Proto jsou embryonální kmenové buňky pluripotentní, zatímco somatické kmenové buňky jsou multipotentní. Jednoduše řečeno, schopnost diferenciace je u embryonálních kmenových buněk vysoká ve srovnání se somatickými kmenovými buňkami.
