Klíčovým rozdílem mezi transformací a transdukcí je, že transformace je mechanismus, který mění genetický materiál bakterií přímým příjmem exogenního genetického materiálu z jeho okolí přes buněčnou membránu a jeho začleněním do genomu, zatímco transdukce je injekcí cizí DNA bakteriofágový virus do hostitelské bakterie.
Konjugace je dobře známá metoda rekombinace DNA, kterou lze nalézt jak u eukaryot, tak u prokaryot. Vědci zjistili, že je možné přenášet DNA z jedné bakteriální buňky do druhé pomocí dalších dvou mechanismů: transformace a transdukce. Podobně jako při konjugaci přenášejí tyto dva mechanismy DNA jedním směrem a mezi alelami v homologních oblastech DNA dochází k rekombinaci. Oba mechanismy přenášejí velmi málo množství DNA a nepřenášejí celý buněčný chromozom.
