Klíčovým rozdílem mezi kongenerem a izomerem je to, že kongener se týká chemických sloučenin, které mají podobné struktury a podobné vlastnosti. Mezitím izomer označuje molekuly, které mají stejný chemický vzorec, ale různé struktury.
Termíny kongener a izomer se vztahují na skupiny sloučenin, které jsou seskupeny podle jejich podobností. Termín kongener může mít různé definice, ale v chemii většinou používáme definici, která uvádí, že kongenery jsou chemické sloučeniny mající podobné struktury a podobné vlastnosti. Na druhé straně izomery jsou sloučeniny, které mají různé struktury, ale podobné atomové složení; proto mají také různé vlastnosti.
