Klíčový rozdíl mezi Cosmidem a Phagemidem je v typu sekvencí, které obsahuje. Kosmid obsahuje místo cos a plazmid. Jedná se tedy o hybridní vektor, zatímco fagemid je plazmid, který obsahuje F1 počátek replikace fága F1.
Kosmidy a fagemidy se používají ke klonování, zejména ke klonování větších fragmentů DNA. Ty jsou široce používány zejména při klonování genů odpovědných za produkci různých proteinů. Kosmidy a fagemidy jsou buď replikovány samostatně jako plazmidy, nebo jsou baleny do virových částic a poté replikovány.
